Котов был приговорен в августе 2020 года. Савеловский суд Москвы признал его виновным в злоупотреблении полномочиями, в результате которого расхитили имущество одной из крупнейших в России авиакомпаний на сумму в 1 млрд рублей. В частности, следствие и суд установили, что Котов не возражал против заключения руководством «Трансаэро» договоров аренды нескольких складов по завышенной цене и продажи по заниженной стоимости 113 принадлежащих авиакомпании автомобилей, а также авиадвигателей. Защита требовала отмены приговора и полного оправдания Котова. При этом назначенное ему наказание адвокаты назвали «чрезмерно суровым». В апелляционной инстанции они настаивали на том, что вывод суда первой инстанции о виновности их подзащитного основан исключительно на предположениях. Котов заявил в ходе заседания, что обязанности временного управляющего выполнял «в строгом соответствии с законом», а должность управляющего «вообще не подпадает» под действие статьи Уголовного кодекса о злоупотреблении полномочиями.
Судебная коллегия признала легшие в основу приговора доказательства убедительными, как и причастность к преступлению и виновность в нем Котова, но сочла ошибочной квалификацию его. «Верно установив фактические обстоятельства по делу, суд первой инстанции неверно дал им юридическую оценку. Временный управляющий Котов не обладал полномочиями по распоряжению, управлению имуществом авиакомпании, а также его использованию», — говорится в определении Мосгорсуда. За неправомерные действия при банкротстве Мосгорсуд назначил Котову наказание в виде ограничения свободы сроком на 1,5 года. Однако срок давности по такому делу составляет два года, поэтому от отбывания наказания Котова суд освободил, к тому же этот срок он уже отсидел в СИЗО. «В жалобах мы просили отменить незаконный и необоснованный приговор. Суд наши доводы услышал и принял во внимание, но все же остановился на компромиссном решении»,— заявил газете адвокат Котова Эдуард Чургулия.
Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области в сентябре 2017 года признал «Трансаэро» банкротом. Главбух компании Андрей Ковалев в декабре 2020 года приговорен Савеловским Москвы к семи годам колонии. Претензий к бывшим главным акционерам обанкротившейся авиакомпании Ольге и Александру Плешаковым следствие до сих пор не имеет, отмечает «Коммерсантъ». В арбитраже сейчас рассматривается заявление конкурсного управляющего «Трансаэро» Алексея Белокопыта о привлечении к субсидиарной ответственности по ее долгам бывших контролирующих лиц перевозчика. Среди ответчиков есть и ее основные акционеры Плешаковы. В марте 2021 года Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области наложил арест на имущество бывшего гендиректора обанкротившейся авиакомпании «Трансаэро» Александра Бурдина. Под обременение попали денежные средства на счетах в Газпромбанке и Райффайзенбанке, а также дом с участком в подмосковном поселке Томилино. Бывших топ-менеджеров к субсидиарной ответственности требует привлечь и банк ВТБ. В частности, с Александра и Ольги Плешаковых и Татьяны Анодиной (мать Плешакова, владевшая в «Трансаэро» 3% акций) банк требует около 249 млрд рублей.