Шкиня уличили в злоупотреблением служебным положением в течение 2015 года, во время пребывания на должности директора КП «Черниговводоканал». Действуя умышленно, достоверно зная о наличии на предприятии достаточных средств для оплаты обязательств по кредиту, взятого перед «Международным банком реконструкции и развития» он искусственно создал задолженность по ним, прекратив оплату. В результате, из государственного бюджета было получено субвенцию на погашение кредиторской задолженности перед МБРР, а полученные от хозяйственной деятельности средства были использованы на другие цели.
Также экс-директор КП «Черниговводоканал» не направил средства на погашение задекларированных сумм налога на добавленную стоимость, искусственно создал задолженность, прекратив их оплату. На это КП также получило субвенцию из госбюджета, а полученные от хозяйственной деятельности средства экс-руководитель потратил на собственные цели.
Согласно заключению комиссионной судебно-экономической экспертизы, размер ущерба государству, причиненного КП «Черниговводоканал» за неуплату налоговых обязательств по налогу на НДС за май-октябрь 2015 года составляет 7,8 млн гривен. Также экспертиза установила убытки предприятия за неуплату долга по кредитам по договорам о субкредитовании за август-ноябрь 2015 года в размере 5,06 млн гривен.
Правоохранители сообщили в конце января Шкиню о подозрении по ч. 2 ст. 364 УК. Позже ВАКС отпустил подозреваемого под личное обязательство, хотя прокурор просил выбрать Шкиню меру пресечения в виде 168 тыс. гривен залога.